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La validación mediante secuenciación Sanger a examen

Amparo Tolosa, Genética Médica News

 

Un estudio del National Human Genome Research Institute (NHGRI) acaba de hacer tambalear uno de los pilares del diagnóstico genético: la utilización de la secuenciación Sanger como medida para validar los resultados obtenidos por los métodos de secuenciación más recientes.

Tras su desarrollo a finales de la década de los 70, el método Sanger de secuenciación del ADN se convirtió en una pieza clave para el avance de la genética, como técnica principal para leer y descifrar fragmentos de ADN. Con el tiempo, no obstante, el método fue reemplazado progresivamente por  las técnicas masivas de secuenciación, capaces de leer con un mayor rendimiento y en menor tiempo las cadenas de ADN, las cuales son capaces en la actualidad de procesar un genoma completo en pocas horas. Así, la secuenciación Sanger ha quedado limitada a proyectos donde únicamente se necesita obtener la secuencia de fragmentos concretos o como técnica de validación de resultados obtenidos por secuenciación masiva.

En este sentido, la secuenciación Sanger es considerada por los laboratorios de secuenciación clínica como la mejor opción para validar resultados. Sin embargo, no existía suficiente información para determinar si realmente es más precisa que las técnicas de secuenciación de última generación.

Para resolver esta cuestión, en el estudio, publicado en Clinical Chemistry, los investigadores llevaron a cabo dos aproximaciones diferentes. En primer lugar evaluaron datos de secuenciación masiva relativos a 19 genes en 5 participantes del proyecto ClinSeq® y los compararon a los obtenidos mediante el método Sanger. En ambos casos se identificaron las 234 mismas variantes genéticas . A continuación, se compararon los resultados obtenidos por ambos tipos de secuenciación respecto a 5 genes analizados en 684 participantes. De las 5.660 variantes genéticas reveladas por la secuenciación masiva, no presentes en bases de referencia, todas menos 19 fueron validadas por Sanger. Tras una segunda ronda de secuenciación Sanger, con diferentes cebadores, 17 de las 19 pudieron confirmarse.  Los resultados muestran  dos errores  entre 5.660 variantes en la secuenciación por el método Sanger,  lo que indica que éste permite validar aquellas variantes identificadas por secuenciación masiva con una tasa del 99.965%. Igualmente, revelan que de 19 casos en los que ambos tipos de secuenciación mostraban diferencias, era la secuenciación Sanger la que daba un resultado erróneo.

La secuenciación Sanger es considerada por muchos laboratorios de diagnóstico clínico como la técnica estándar para validar resultados obtenidos por las últimas técnicas de secuenciación.

La secuenciación Sanger es considerada por muchos laboratorios de diagnóstico clínico como la técnica estándar para validar resultados obtenidos por las últimas técnicas de secuenciación.

Aunque estudios previos ya habían planteado que la secuenciación Sanger no es el mejor método para la validación clínica de las variantes genéticas obtenidas por secuenciación masiva, los datos del presente trabajo superan con creces los analizados anteriormente. “Fuimos capaces de examinar millones de bases de pares del ADN secuenciados por secuenciación masiva y secuenciación Sanger,” indica Leslie Biesecker, director de área de Genómica Médica y Genética Metabólica del (NHGRI) y responsable principal del artículo.

Ante los resultados obtenidos en el trabajo, los investigadores concluyen que es más probable que una única ronda de secuenciación Sanger refute de forma incorrecta una variante verdadera detectada por secuenciación masiva a que identifique correctamente un falso positivo detectado por los más recientes métodos de secuenciación. Además, sugieren que la validación por Sanger tiene utilidad limitada y no debería ser considerada como estándar de buena práctica. En cualquier caso, puesto que no existe una prueba clínica que supere la tasa de validación de Sanger recomiendan que sean los profesionales médicos responsables de pedir las pruebas genéticas diagnósticas los que decidan el método de validación adecuado.

“Hemos mostrado que no tiene sentido utilizar secuenciación Sanger para confirmar sustituciones de una única base en el ADN, porque podría causar más errores diagnósticos de los que corregirá,” manifiesta Biesecker.  “No esperábamos encontrar esto en absoluto. Esperábamos que la secuenciación Sanger corrigiera a la secuenciación masiva. Sin embargo esto significa que cuando un laboratorio clínico utiliza secuenciación Sanger para validar los resultados, es más probable descartar resultados de secuenciación masiva que eran de hecho verdaderos a detectar errores en la secuenciación masiva.”

El trabajo, que no ha tardado en generar discusión en la comunidad científica, viene a confirmar algo con lo que concluyen sus propios autores, que los resultados de las pruebas que utilizan secuenciación masiva deberían de ser tratadas como otras pruebas clínicas: imperfectas, pero altamente fiables.

Referencia: Beck TF, et al. Systematic Evaluation of Sanger Validation of Next-Generation Sequencing Variants. Clin Chemist. 2016. Doi: 10.1373/clinchem.2015.249623

Fuente: New study challenges gold standard for validating DNA sequencing results. https://www.genome.gov/27564480/2016-news-feature-new-study-challenges-gold-standard-for-validating-dna-sequencing-results/

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1 Response

  1. Es por esto que el parámetro más importante de la secuenciación sanger es la especificidad dada por los partidores. Y aquí es clave el uso de herramientas como SNPCheck y el uso de colas M13 para secuenciar y evitar la pérdida de alelos o “allele dropout”.

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