Genómica 3D: La importancia de la organización espacial del genoma

La organización del genoma en el núcleo no es al azar. La localización de los genes tiene vital importancia en los procesos de regulación de la expresión génica. Incluso la arquitectura de la cromatina, de forma dinámica puede controlar la expresión favoreciendo o impidiendo la unión de elementos reguladores, llegando al punto de que defectos en la organización genómica sean el origen de enfermedades humanas.

Un equipo de la Universidad McGill, Canadá, acaba de publicar un trabajo en Genome Biology donde exploran la posibilidad de utilizar la conformación de la cromatina para clasificar subtipos de leucemia.

Los investigadores analizaron la conformación de la región del genoma que contiene los genes HOXA en células de leucemia con y sin fusiones del gen MLL y observaron que la organización del genoma en esa región era un buen indicador del subtipo de leucemia analizado. El gen MLL se encuentra afectado por reorganizaciones cromosómicas en un 70% de los casos infantiles de leucemia aguda de tipo mieloide y linfoblástica. En estas reorganizaciones se producen fusiones con otros genes que  dan lugar a una proteína MLL aberrante, la cual induce la expresión de reguladores, como la familia HOX, y altera el programa de diferenciación de las células hematopoyéticas, Sin embargo, no se ha podido determinar en qué casos la fusión da lugar a leucemia de tipo mieloide y en cuales a leucemia de tipo linfoblástico. Los resultados publicados en este artículo sugieren la presencia de dos regiones en el clúster de genes HOXA reguladas de forma diferente en las leucemias que expresan fusiones del gen MLL. Aunque falta por determinar si la identificación del subtipo de leucemia mediante este método funciona a partir de muestras de sangre de los pacientes, en caso afirmativo permitiría adaptar el tratamiento de forma más eficaz.

Referencia: Classifying leukemia types with chromatin conformation data. Genome Biology 2014, 15:R60  doi:10.1186/gb-2014-15-4-r60 http://genomebiology.com/2014/15/4/R60

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