Secuenciación del ADN para el diagnóstico de la neumonía asociada al ventilador

La neumonía asociada a ventilador, o infección de los pulmones en un paciente con ventilación mecánica, constituye la principal complicación hospitalaria en los servicios de medicina intensiva, lo que la convierte en un problema de importante repercusión tanto clínica, puesto que puede ser letal, como económica, ya que incrementa los costes de los cuidados médicos. El inicio del tratamiento con antibióticos dentro de las primeras 48 horas desde el diagnóstico disminuye la mortalidad asociada a la neumonía asociada al ventilador. Debido a esta razón, normalmente se inicia el tratamiento con antibióticos de amplio espectro, mientras se esperan los resultados de los cultivos microbianos destinados a identificar al agente concreto. Sin embargo, la utilización de antibióticos de amplio espectro puede derivar en efectos secundarios o en la aparición de resistencias y el diagnóstico basado en cultivos microbianos está limitado por la dificultad de obtener muestras adecuadas o de hacer crecer a los patógenos responsables in vitroPor lo tanto, plantear nuevos métodos de diagnóstico de los agentes microbianos causantes de la infección, es una necesidad emergente.

Un estudio de la Universidad George Washington en EEUU, aborda una nueva aproximación al diagnóstico de neumonía asociada a ventilador, basada en la identificación de los patógenos mediante la secuenciación del ADN.

Los investigadores obtuvieron muestras de aspirados de la tráquea de pacientes intubados, extrajeron el ADN bacteriano a partir de ellas y amplificaron mediante PCR (reacción en cade na de la polimerasa) la región correspondiente al ARN ribósomico 16S. Este fragmento es utilizado de forma habitual en microbiología médica, puesto que tiene regiones altamente conservadas que permiten su amplificación de forma universal, así como regiones hipervariables, útiles para identificar bacterias. A continuación, secuenciaron los fragmentos de ADN amplificados y compararon los resultados con las bases de datos de especies de bacteriass para caracterizar las poblaciones bacterianas que residen en pacientes intubados con sospecha de neumonía asociada a ventilador.

El equipo pudo aislar ADN bacteriano a partir del 72% de los pacientes de los que pudieron analizar el 44%. Además un 85% de las muestras para las que disponían de datos de secuenciación y datos del cultivo microbiano mostraron resultados coincidentes para la identificación de bacterias. Los resultados indican también, que a pesar de que usualmente se considera como responsable a un único agente infeccioso, en las muestras de infecciones pulmonares analizadas se encontraron, como en cualquier otro microbioma, una o dos bacterias dominantes y otras especies acompañantes que podrían modular el crecimiento, virulencia, resistencia a antibióticos u otros factores.

Los autores reconocen que la metodología necesita ser optimizada, no obstante, el análisis de ADN bacteriano extraído de muestras de aspirados mediante la aplicación de técnicas de secuenciación se presenta como una alternativa potente a la utilización de cultivos microbianos.

“Mediante esta tecnología los médicos del futuro deberían de ser capaces de llevar a cabo un diagnóstico más preciso de la causa de la neumonía y diseñar una terapia concordante,” afirma Marc Siegel, uno de los autores.

Referencia: Toma I, et al. Single-Molecule Long Read 16S Sequencing to Characterize the Lung Microbiome from Mechanically Ventilated Patients with Suspected Pneumonia. J Clin Microbiol. 2014 Aug 20. pii: JCM.01678-14.

Fuente: http://smhs.gwu.edu/news/interdisciplinary-research-team-finds-method-more-precise-diagnosis-pneumonia

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