GIREMI: una herramienta para identificar sitios de edición del ARN

La edición del ARN es un proceso en el que las moléculas de ARN, una vez transcritas a partir del ADN, sufren una serie de modificaciones en su secuencia original. Uno de los ejemplos es el caso de la desaminación del nucleótido adenosina en inosina, modificación esencial para generar diversidad en el transcriptoma. Defectos en este proceso han sido observados en diversas enfermedades humanas como cáncer, infecciones virales, y desórdenes neurológicos y psiquiátricos como la enfermedad de Alzheimer.

Para poder entender el funcionamiento de la edición del ARN y su relación con las enfermedades humanas es necesario identificar los sitios en los que el ARN es editado. El desarrollo de las técnicas de secuenciación, especialmente de secuenciación del ARN ha permitido avanzar notablemente en este aspecto. No obstante, existen todavía algunas limitaciones, como la necesidad de comparar el transcriptoma con el genoma de la misma persona, para poder diferenciar los sitios de edición del ARN de los polimorfismos genómicos presentes en la secuencia del ADN.

Una nueva herramienta informática desarrollada por la Universidad de California Los Angeles ayudará a los investigadores a identificar los sitios de edición del ARN. La herramienta, denominada GIREMI (de genome-independent identification of RNA editing by mutual information) predice la modificación de adenosina a inosina a partir de información obtenida de la secuenciación de ARN. La idea en la que está basada el método es que mientras que dos polimorfismos genéticos mantienen el mismo haplotipo en el ARN que en el ADN genómico de referencia, en las lecturas obtenidas del ARN la relación entre un polimorfismo y un sitio de edición del ARN no se mantiene, debido a que la edición del ARN ocurre después de su síntesis. “Podemos predecir los sitios de edición del ARN y los SNPs sin tener que secuenciar el genoma completo,” indica Xinshu Xiao, director del trabajo. “Ahora no tenemos que gastar miles de dólares secuenciando el ADN; se puede secuenciar únicamente el ARN. Nuestro método será fácilmente aplicable a todos los conjuntos de datos de ARN y ayudará a identificar SNPs y mutaciones a mucho menor coste de los métodos actuales.” Los resultados iniciales del equipo, apuntan a la existencia de sitios de edición específicos de tejidos , así como patrones evolutivos en las poblaciones humanas.

La herramienta está disponible de forma gratuita en la página web del laboratorio de Xiao, por lo que cualquier investigador puede utilizar el método en su área de investigación. “El método puede ser fácilmente aplicado a cualquier conjunto de datos de secuenciación de ARN para descubrir nuevos sitios de edición específicos a una enfermedad.”

Referencia: Zhang Q, Xiao X. Genome sequence-independent identification of RNA editing sites. Nat Methods. 2015 Mar 2. doi: 10.1038/nmeth.3314.Fuente:

http://newsroom.ucla.edu/releases/ucla-researchers-devise-new-method-to-identify-disease-markers-a-key-step-toward-personalized-medicine

https://www.ibp.ucla.edu/research/xiao/Home.html

Si te ha gustado el artículo, suscríbete ahora de forma gratuita a la Revista Genética Médica y recíbela cada 2 semanas.


He leído y acepto la política de privacidad. (Recibirás Genética Médica News en PDF cada 2 semanas en tu correo, así como los números de la revista Genética Médica y Genómica. Nuestros suscriptores también reciben cualquier novedad en cuanto a nuestros programas formativos, jornadas gratuitas y eventos en el área de la Genética Médica y Genómica.)

You may also like...

Deja un comentario

Tu dirección de correo electrónico no será publicada. Los campos obligatorios están marcados con *

Normas de uso

La Revista Genética Médica permite realizar comentarios sobre su contenido para favorecer la participación de los lectores, con el objetivo de ofrecer una plataforma de debate y discusión sobre los temas tratados.

El contenido de Genética Médica es de carácter general y tiene una finalidad informativa. La mención de cualquier método, terapia, tratamiento o servicio no debe ser considerado una garantía para su utilización. Determinar el adecuado tratamiento para un paciente es responsabilidad de los médicos y facultativos. La información proporcionada en Revista Genética Médica ha sido diseñada para apoyar, y en ningún caso reemplazar, la relación que existe entre un paciente y su médico.

Para asegurar que todos los lectores tienen una buena experiencia, la Revista Genética Médica solicita que los comentarios sigan unas normas básicas. Los comentarios son evaluados antes de su publicación y moderados por los miembros de la Oficina Editorial de Revista Genética Médica diariamente. Cualquier comentario que no cumpla los principios indicados no será publicado.

Los comentarios están abiertos al público general por lo que los lectores deben considerar que su contenido no necesariamente ha sido realizado por un profesional médico.

Los usuarios tendrán en cuenta que los comentarios serán públicos y cualquier persona con acceso a internet podrá verlos. Los usuarios pueden publicar información personal propia (teniendo en cuenta que será pública) pero no la de otras personas. Los comentarios no podrán ser modificados.

Los principios seguidos para la publicación de comentarios serán:

  • Todos los comentarios que contribuyan a enriquecer el contenido y calidad de los contenidos de Revista Genética Médica serán bienvenidos. Los usuarios se comprometen a proporcionar información veraz y contrastable. Cada usuario proporcionará referencias y/o enlaces que justifiquen sus afirmaciones sobre medicina y salud, siempre que no se trate de una experiencia personal vivida por él mismo.
  • En caso de mencionar publicaciones científicas o datos específicos, se citarán las fuentes que en el comentario.
  • Sólo se aceptará la presencia de enlaces en los comentarios cuando su contenido cumpla los principios de publicación de comentarios y estén relacionados con el tema.
  • En caso de mencionar publicaciones científicas o datos específicos, se citarán las fuentes que en el comentario.
  • Sólo se aceptará la presencia de enlaces en los comentarios cuando su contenido cumpla los principios de publicación de comentarios y estén relacionados con el tema.
  • No se aceptarán comentarios difamatorios o falsos, insultos, amenazas, o ajenos al tema del que trate el artículo. En la misma línea no se aprobará la publicación de comentarios con contenido xenófobo, racista, sexista, homófobo o discriminatorio hacia cualquier religión o colectivo.
  • Los mensajes escritos al completo en mayúsculas no serán aceptados.
  • Mensajes publicitarios, o de cuestiones no relacionadas con el tema del artículo no serán aprobados para su publicación.

Si te ha gustado el artículo, suscríbete ahora de forma gratuita a la Revista Genética Médica y recíbela cada 2 semanas.

(function() { if (!window.mc4wp) { window.mc4wp = { listeners: [], forms : { on: function (event, callback) { window.mc4wp.listeners.push({ event : event, callback: callback }); } } } } })();


He leído y acepto la política de privacidad. (Recibirás Genética Médica News en PDF cada 2 semanas en tu correo, así como los números de la revista Genética Médica y Genómica. Nuestros suscriptores también reciben cualquier novedad en cuanto a nuestros programas formativos, jornadas gratuitas y eventos en el área de la Genética Médica y Genómica.)