Clasificación genómica del melanoma cutáneo

Amparo Tolosa, Genética Médica News

 

El Atlas del Genoma del Cáncer fue lanzado por el Instituto Nacional del Cáncer y el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano, que finalizó su fase piloto este año. Imagen: Ernesto del Aguila (National Human  Genome Research Institute, NIH, https://www.genome.gov/.

El Atlas del Genoma del Cáncer fue lanzado por el Instituto Nacional del Cáncer y el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano, que finalizó su fase piloto este año. Imagen: Ernesto del Aguila (National Human Genome Research Institute, NIH, https://www.genome.gov/.

Investigadores del MD Anderson Cancer Center, de la Universidad de Texas, han liderado el análisis genómico más completo hasta la fecha del melanoma cutáneo, tipo de cáncer agresivo responsable de alrededor de un 75% de las muertes por cáncer de piel.

En el trabajo se utilizó información procedente del ADN, ARN y los niveles de proteínas, de 333 muestras de melanoma cutáneo obtenidas del programa Atlas del Genoma del Cancer (TCGA, en sus siglas en inglés) con el fin de catalogar las alteraciones somáticas presentes en este tipo de cáncer y evaluar su significado clínico y biológico.

Los investigadores llevaron a cabo secuenciación del exoma completo (parte codificante del genoma), análisis del número de copias de fragmentos de ADN, secuenciación del ARN, secuenciación de microARNs, análisis de metilación y análisis de las proteínas expresadas en las muestras de los pacientes. A partir de la información obtenida el equipo clasificó las muestras de melanoma en función de las mutaciones más frecuentes, definiendo cuatro grupos según la presencia o ausencia de mutaciones en los genes principales BRAF, RAS y NF1. Estos cuatro subtipos genómicos identificados comparten la parte final de las rutas moleculares de señalización, sin embargo, cada tipo presenta diferencias en cómo se activan estas rutas, lo que podría plantear diferentes aproximaciones en el tratamiento.

Reconstrucción en 3D de una célula de melanoma. Imagen: Sriram Subramaniam, National Cancer Institute.

Reconstrucción en 3D de una célula de melanoma. Imagen: Sriram Subramaniam, National Cancer Institute.

Una vez diferenciados los cuatro subtipos genómicos, éstos se caracterizaron molecularmente mediante la evaluación de la presencia de marcas moleculares específicas en cada uno, como la huella de radiación UV, alteraciones somáticas en el número de copias, reorganizaciones estructurales, mutaciones en la región promotora del gen que codifica para la telomerasa o mutaciones en rutas moleculares específicas. Así se observó que los cuatro subtipos genómicos comparten la parte final de las rutas moleculares de señalización, sin embargo, cada tipo presenta diferencias en cómo se activan estas rutas, lo que podría plantear diferentes aproximaciones en el tratamiento.

A continuación, llevaron a cabo una clasificación transcriptómica de los tumores, esto es, una clasificación basada en la expresión génica. En este caso encontraron tres clases principales: una caracterizada por la presencia de genes relacionados con funciones o respuestas inmunes, otra caracterizada por la elevada expresión de genes relacionados con queratina, pigmentación y desarrollo neuronal y la última, en la que genes asociados a pigmentación y epitelio se expresaban a niveles bajos.

Por último, los investigadores integraron todos los análisis realizados para definir subtipos concretos del melanoma y evaluaron su relevancia clínica. Aunque no encontraron correlación entre la clasificación genómica y la evolución de la enfermedad, los investigadores encontraron que el subtipo caracterizado por la expresión de marcadores de infiltración inmune se encuentra asociado a una mejor supervivencia de los pacientes, lo que tiene importantes implicaciones para la inmunoterapia en estos pacientes.

El tratamiento del melanoma cutáneo durante las primeras fases de la enfermedad constituye la mejor oportunidad para su curación. Sin embargo, cuando la enfermedad está avanzada y deja de estar localizada debido a la metástasis las probabilidades de éxito del tratamiento disminuyen drásticamente. Por esta razón, conocer las características de los melanomas y obtener soluciones dirigidas a cada tipo puede mejorar la capacidad terapéutica y la efectividad de la inmunoterapia en algunos subptipos. “Uno de los principales logros en el manejo clínico de los pacientes con melanoma avanzado ha sido el desarrollo de terapias dirigidas efectivas,” ha manifestado Jeffrey E. Gershenwald, uno de los directores del trabajo. “Esta completa clasificación de los melanomas nos permite crear una línea de trabajo que podría ser utilizada para personalizar todavía más la toma de decisiones terapéuticas en tanto a nivel de tratamientos dirigidos como en inmunoterapia, además de desarrollar modelos pronósticos y predictivos de mayor impacto para informar el cuidado del paciente”.

Referencia: Cancer Genome Atlas Network. Genomic Classification of Cutaneous Melanoma. Cell. 2015 Jun 18;161(7):1681-96. doi: 10.1016/j.cell.2015.05.044.

Fuente: http://www.mdanderson.org/newsroom/news-releases/2015/genomic-discovery-skin-cancer-potential-signpost-drug-targets.html

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