El genoma de la leucemia linfocítica crónica

Amparo Tolosa, Genética Médica News

 

El genoma oscuro, o región del genoma que no contiene genes codificantes, esconde importante información genética. Imagen: Andrea Laurel (CC BY 2.0, https://creativecommons.org/licenses/by/2.0/).

El genoma oscuro, o región del genoma que no contiene genes codificantes, esconde importante información genética. Imagen: Andrea Laurel (CC BY 2.0, https://creativecommons.org/licenses/by/2.0/).

Una de las características de las células tumorales es la acumulación de alteraciones genéticas, las cuales pueden resultar relevantes para hacer clasificaciones de los tumores, para decidir cuáles son los puntos débiles del cáncer en cada paciente o para poder hacer pronósticos sobre la evolución de la enfermedad. Por esta razón, los estudios genómicos del cáncer han recibido un impulso extraordinario durante los últimos años y diferentes grupos de investigación han unido fuerzas y constituido consorcios internacionales enfocados en dilucidar los cambios genéticos que contribuyen al desarrollo y avance de los diferentes tipos de cáncer. Este es el caso del Consorcio Internacional del Genoma del Cancer (ICGC en sus siglas en inglés), creado en 2008, cuyo objetivo principal es la generación de catálogos en los que se incluyan las alteraciones genómicas de 50 tipos de cáncer.

Un consorcio español ha sido el primero en completar uno de los subproyectos del ICGC, al secuenciar los genomas de las células tumorales y normales de más de 500 pacientes con leucemia linfocítica crónica. Los resultados del consorcio, formado por más de una docena de instituciones, y dirigido por Carlos López Otín de la Universidad de Oviedo y Elías Campo, del Hospital Clínic de la Universidad de Barcelona, acaban de ser publicados en la prestigiosa revista Nature.

Para poder identificar de forma precisa las mutaciones implicadas en la leucemia linfocítica crónica, los investigadores compararon el genoma de las células tumorales de un paciente con el de las células sanas del mismo paciente, a nivel de secuencia, metilación y expresión génica. Los resultados indican que cada célula tumoral acumula de media unas 3.000 mutaciones en su genoma. Además, el análisis conjunto de los pacientes ha permitido identificar un conjunto de genes concretos cuyas mutaciones concretas provocan el desarrollo del tumor.

Células B en leucemia linfocítica crónica. By The Armed Forces Institute of Pathology (AFIP) [Public domain], via Wikimedia Commons

Células B en leucemia linfocítica crónica. By The Armed Forces Institute of Pathology (AFIP) [Public domain], via Wikimedia Commons

No obstante, el hallazgo más importante del trabajo ha sido encontrar que una porción importante de las mutaciones relevantes para el cáncer se encuentran en regiones oscuras del genoma, es decir, en regiones en las que no hay genes. “Estas regiones representan el 98% de nuestro genoma, pero se conocen tan poco que no se suelen analizar en los pacientes,” indica Xose S. Puente, primer firmante del estudio. “En este trabajo hemos demostrado que uno de cada cinco tumores surge por mutaciones en estas regiones oscuras del genoma, y su conocimiento es fundamental ya que influyen en el pronóstico de la enfermedad.” Los investigadores destacan la presencia de mutaciones recurrentes en regiones no codificantes como la región promotora del gen PAX5 o la región situada después del gen NOTCH1, un gen ampliamente conocido por su participación en cáncer. Un 20% de los tumores con mutaciones en NOTCH1 contienen también mutaciones en su región no codificante adyacente, lo que sugiere que la incidencia de las alteraciones de NOTCH1 en cáncer puede ser mayor de la que se ha estimado hasta el momento.

La leucemia linfocítica crónica, que representa un 35% de las leucemias, constituye uno de los tumores más frecuentes en los países occidentales. El proyecto Genoma de la Leucemia Linfocítica Crónica pretende crear herramientas de diagnóstico, descubrir dianas terapéuticas y desarrollar nuevas estrategias que permitirán una terapia adaptada a la leucemia linfocítica crónica que la convierta en más precisa y efectiva. La información obtenida en el trabajo sin duda, supone un gran avance para alcanzar dichos objetivos.

Referencia: Puente XS, et al. Non-coding recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia. Nature. 2015 Jul 22. doi:10.1038/nature14666.

Fuentes: http://www.uniovi.es/-/genoma-julio-2015

http://www.cllgenome.es/welcome-cll-genome-website

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