Demostrada la rigurosidad de la calidad técnica de los tests epigenéticos

Fran Garrigues, Genética Médica News

 

Un investigador prepara una muestra para la extracción de ADN. Imagen: Instituto de Alergias y Enfermedades Infecciosas, National Institute of Health, EEUU).

Un investigador prepara una muestra para la extracción de ADN. Imagen: Instituto de Alergias y Enfermedades Infecciosas, National Institute of Health, EEUU).

Investigadores del proyecto internacional BLUEPRINT, en el contexto del Consorcio Internacional del Epigenoma Humano,  han demostrado que los tests epigenéticos ofrecen resultados de rigurosidad y calidad técnica similar a los obtenidos a partir de las pruebas genéticas.

La epigenética estudia el conjunto de modificaciones selectivas y reversibles del ADN y de las proteínas (las marcas epigenéticas), que controlan la expresión de los genes sin afectar a la composición de los mismos. Estas marcas epigenéticas, como por ejemplo la metilación del ADN, son clave para favorecer la diferenciación celular y desempeñan un papel patogénico importante en ciertas enfermedades humanas, como el cáncer, y algunas enfermedades inflamatorias, metabólicas o neurodegenerativas.

Los patrones de metilación del ADN y su relación con fenotipos clínicos se pueden emplear como biomarcadores para determinar el diagnóstico de enfermedades, así como su tratamiento personalizado. El uso de biomarcadores epigenéticos presenta ciertas ventajas como, por ejemplo, que su medición en muestras heterogéneas o degradadas es más fiable gracias a que las marcas epigenéticas se presentan  de forma binaria (ausencia o presencia de la modificación). Además, el ADN sobre el que se evalúan es estable, y las modificaciones permanecen durante su almacenamiento.  Y puesto que la infraestructura para su estudio ya está instaurada en muchos laboratorios de diagnóstico clínico, sería factible que se aplicaran a  trabajos clínicos.

Por todo ello, el análisis de los patrones de metilación a lo largo del genoma en pacientes  enfermos y la comparación de éstos con los presentes en individuos sanos,  se ha convertido en una herramienta potencial para el diagnóstico de enfermedades con fenotipos clínicamente relevantes.

La investigación, publicada en Nature Biotechnology, fue llevada a cabo en 18 laboratorios internacionales diferentes, todos ellos colaboradores del proyecto BLUEPRINT, el cual está enfocado en entender cómo los genes  presentes en células humanas se expresan o reprimen de forma diferente en organismos sanos y enfermos.  El objetivo del estudio era comparar el rendimiento de los métodos empleados para el análisis de la metilación del ADN con el ofrecido por las técnicas genéticas, dentro del ámbito clínico rutinario. Es decir, si al igual que en el caso de los análisis genéticos, las pruebas epigenéticas para medir o cuantificar metilación del genoma, eran reproducibles en cualquier laboratorio. Para ello, cada laboratorio realizó el análisis de 32 muestras de referencia en 21 loci específicos para un promedio de 27 regiones genómicas predefinidas, así como seis ensayos globales. Para estimar el grado de metilación de las regiones del ADN seleccionadas, estas fueron secuenciadas mediante pirosecuenciación de bisulfito y secuenciación basada en amplicones de bisulfito. Posteriormente, la sensibilidad de estas estrategias se evaluó utilizando muestras con reducida cantidad de ARN, y  se comprobó la capacidad de las pruebas para discriminar entre tipos celulares. Finalmente, tras comparar estos resultados con los ya registrados en ensayos genéticos previos, se confirmó que la información ofrecida por ambas vías de investigación podría servir para facilitar la selección, optimización y el uso de los ensayos de metilación del ADN tanto en estudios de validación a gran escala como en el desarrollo de biomarcadores.

El estudio indica que los tests epigenéticos ofrecen resultados de rigurosidad y calidad técnica similar a los obtenidos a partir de las pruebas genéticas. National Eye Institute, National Institutes of Health.

El estudio indica que los tests epigenéticos ofrecen resultados de rigurosidad y calidad técnica similar a los obtenidos a partir de las pruebas genéticas. National Eye Institute, National Institutes of Health.

“Dentro del proyecto internacional BLUEPRINT, del que formamos parte, nos comprometimos a ayudar a evaluar si el resultado de un test epigenético realizado sobre la misma muestra en un laboratorio de Barcelona, Viena, Londres o en Australia, obtenía el mismo resultado”, explica el Dr. Manel Esteller, Director del Programa de Epigenética y Biología del Cáncer del Instituto de Investigaciones Biomédicas de Bellvitge (IDIBELL), investigador del Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA) y co-autor del estudio.

Los resultados del trabajo suponen un avance importante para que las agencias reguladoras aprueben los test epigenéticos como pruebas de laboratorio de alta calidad y fiabilidad para uso clínico, como ha ocurrido con los análisis genéticos ya empleados de forma rutinaria en los hospitales en la actualidad.

“Esta validación internacional de las pruebas epigenéticas permitirá avanzar en su implantación clínica, pudiendo ser utilizadas para detectar precozmente ADN tumoral circulante en la sangre, evaluar muestras archivadas en los laboratorios de anatomía patológica desde hace años, contribuir a establecer patrones epigenéticos creíbles que analicen diferencias entre tejido sano y con distintas enfermedades o, que incluso empiece a extenderse la obtención de epigenomas completos con cada uno de los 6,000 millones de ladrillos que forman el genoma humano”, declara el Dr. Manel Esteller. “El trabajo realizado otorga un sello de calidad a muchos estudios basados en las técnicas examinadas; esto facilitará la aprobación de algunos de los tests epigenéticos por parte de las agencias reguladoras, paso imprescindible para que lleguen a los pacientes.”

Referencia:

Christoph Bock et al. Quantitative comparison of DNA methylation assays for biomarker development and clinical applications. Nature Biotechnology, June 2016.DOI: 10.1038/nbt.3605

Fuente:

Los tests epigenéticos tienen la misma calidad que los genéticos. http://www.idibell.cat/modul/noticias/es/900/los-tests-epigeneticos-tienen-la-misma-calidad-que-los-geneticos

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