EPICUP: una prueba epigenética para identificar el cáncer de origen desconocido

Amparo Tolosa, Genética Médica News

 

Adenocarcinoma de colón metastásico en nódulo linfático. Imagen: Ed Uthman (CC BY 2.0 http://creativecommons.org/licenses/by/2.0).

En la mayor parte de los casos de cáncer el diagnóstico se lleva a cabo sobre el tumor primario y la metástasis es posterior al diagnóstico. En la imagen: adenocarcinoma de colón metastásico en nódulo linfático. Imagen: Ed Uthman (CC BY 2.0 http://creativecommons.org/licenses/by/2.0).

En la mayor parte de los casos de cáncer, el diagnóstico se lleva acabo sobre el tumor primario, el tejido donde se origina el proceso canceroso en el paciente, y si se produce metástasis o propagación del tumor a otros tejidos, ésta es posterior al diagnóstico. No obstante, en algunos casos de cánceres con capacidad invasiva muy alta el diagnóstico se realiza a partir de las lesiones tumorales metastásicas y se desconoce el  origen del tumor inicial. Este tipo de cáncer, que supone entre un 3 y un 5% de los casos diagnosticados es denominado Cáncer de Origen Desconocido, y supone un reto a nivel clínico, en tanto que dificulta poder llevar a cabo tratamientos precisos dirigidos hacia la población celular de la que derivan todas las células tumorales.

Un equipo de investigadores del Idibell, dirigido por Manel Esteller ha desarrollado y validado una prueba molecular para detectar el tumor primario responsable de la metástasis en un paciente.

La prueba, llamada EPICUP, está basada en las características epigenéticas propias de las células de cada tejido. Aunque todas las células de un organismo contienen el mismo material genético, cada tipo celular (y por ende cada tejido) tiene un programa de expresión diferente, de forma que únicamente se expresan los genes que necesita. El epigenoma de una célula engloba al conjunto de elementos funcionales que regulan la expresión génica de una célula y es característico de cada tipo celular. Así pues, los investigadores hipotetizaron que la firma epigenética de las células tumorales metastásicas podría revelar el origen del tejido del que provienen.

En este caso, los investigadores analizaron la metilación del ADN, una de las marcas epigenéticas más conocidas. En un primer paso evaluaron las firmas de metilación del ADN en 2.790 muestras de tumor de origen conocido, procedentes de 38 tipos tumorales diferentes y 85 metástasis. A continuación, validaron las firmas de metilación en una muestra de 7.691 muestras de los mismos tipos de tumor, incluyendo 534 metástasis.  Por último, utilizaron una prueba genética basada en dichas firmas para predecir 216 casos de cáncer de origen desconocido y validaron los datos tras la detección (meses después)  clínica del tumor a partir de otras pruebas.

“Hemos analizado estas firmas epigenéticas particulares para cada tipo de cáncer en más de 10.000 tumores humanos,” señala Esteller. ”Cuando ahora estudiemos el ADN de la metástasis de un paciente con tumor de origen desconocido, la fotografía de su epigenoma que obtenemos nos dirá que pertenece a la familia del cáncer de páncreas, de pulmón, de colon, de mama, etc. Es decir, damos un diagnóstico del origen de ese tumor.”

La prueba EPICUP está basada en perfiles de metilacion

La prueba EPICUP determina el tejido del tumor original a partir de los perfiles de metilación de la muestra de metástasis.

Los resultados del trabajo, publicados en The Lancet Oncology, indican que el clasificador de tumores basado en perfiles de metilación del ADN tiene una especificidad del 99.6% y una sensibilidad del 97.7% en la validación de los 7.691 tumores. Además, el análisis de metilación permitió predecir cuál era el origen del cáncer primario en un 87% de los pacientes con cáncer de origen desconocido. Y lo que es más relevante, los pacientes cuyo tumor primario fue diagnosticado a partir de la prueba EPICUP y recibieron tratamiento específico a su tumor primario, mostraron una mayor supervivencia que aquellos que recibieron un tratamiento empírico no basado en las características del tumor primario.

Los investigadores concluyen el trabajo indicando que el desarrollo de la prueba EPICUP puede mejorar significativamente el diagnóstico del cáncer de origen desconocido y guiar hacia terapias más precisas asociadas a mejores resultados. Además, a diferencia de otros resultados de investigación, su aplicabilidad está cerca. “Una cosa muy importante a tener en cuenta es que este no es un descubrimiento a desarrollar en los próximos años, sino que hemos conseguido que la prueba pueda aplicarse desde hoy, gracias a la colaboración con los Laboratorios Ferrer”, destaca Esteller.

Referencia: Moran S, et al. Epigenetic profiling to classify cancer of unknown primary: a multicentre, retrospective analysis. The Lancet Oncology. 2016. Doi: 10.1016/S1470-2045(16)30297-2

Fuente: El primer test epigenético para identificar los tumores de origen desconocido. http://www.idibell.cat/modul/noticias/es/919/el-primer-test-epigenetico-para-identificar-los-tumores-de-origen-desconocido

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