Recomendaciones para la validación de paneles de secuenciación en oncología

Amparo Tolosa, Genética Médica News

 

En los últimos años la secuenciación de ADN se ha convertido en una herramienta de gran utilidad en el campo de la oncología. Por una parte, el genoma de una persona puede proporcionar información relevante sobre su  riesgo a desarrollar un cáncer hereditario. Por otra, la composición genética de las células de un tumor puede resultar crítica tanto para establecer un diagnóstico preciso, como para tomar decisiones sobre qué tratamiento dirigido resultará más beneficioso para el paciente.

La mejora en la capacidad y precisión de las técnicas de secuenciación, unida a la realización de  grandes proyectos de secuenciación del cáncer ha aumentado el número de genes conocidos por su papel en el desarrollo y progresión tumoral, así como diferentes variantes relacionadas con el cáncer.

paneles de secuenciación

La secuenciación de ADN se ha convertido en una herramienta de gran utilidad en el campo de la oncología. Imagen: Medigene Press SL.

 

Según el objetivo clínico concreto pueden realizarse diferentes análisis genéticos que varían desde la secuenciación de genomas o exomas completos al rastreo de mutaciones en genes concretos. Un término medio son los paneles de genes implicados en cáncer, en los que se evalúa la presencia de alteraciones en conjuntos de genes relacionados con el proceso tumoral. La decisión de qué genes incluir en estos paneles puede variar en función del laboratorio o del objetivo concreto con el que se diseñan. En cualquier caso, su utilización está destinada a proporcionar información relevante para establecer un diagnóstico, decidir una aproximación terapéutica o llevar a cabo un pronóstico de la enfermedad.

El fin último de los paneles de secuenciación de genes en oncología es mejorar el cuidado de los pacientes con cáncer. Para ello es necesario alcanzar unos niveles deseados de calidad y eficacia. Con este objetivo, la Asociación de Patología Molecular, junto al Colegio de Patólogos Americanos acaba de publicar una guía de recomendaciones para la validación de paneles génicos en oncología.

En ella, un comité de expertos ha considerado qué factores influyen en el diseño, validación y control de calidad de los paneles de genes en oncología.  “En esta era de medicina de precisión, la secuenciación de última generación se ha convertido rápidamente en el método de elección para detectar múltiples variantes somáticas, diagnosticar la enfermedad y predecir la respuesta a terapias dirigidas,” señala Lawrence Jennings, patólogo en el Ann and Robert H. Lurie Children’s Hospital of Chicago y miembro de la Asociación de Patología Molecular. “Sin embargo, el proceso de validación analítica necesario sigue siendo desafiante. Con el objetivo de resumir el conocimiento disponible hasta el momento, exponer los retos, y proporcionar guía de como validar mejor estas pruebas para mejorar el cuidado del paciente,  la Asociación de Patología Molecular ha reunido y dirigido un grupo multidisciplinar de trabajo de expertos en la materia,” señala el investigador.

Los paneles de genes implicados en cáncer, evalúan la presencia de alteraciones en conjuntos de genes relacionados con el proceso tumoral. Imagen: Medigene Press SL.

 

En el trabajo, en primer lugar, los investigadores repasan la metodología de los paneles de genes, desde la preparación de muestras y de las librerías de ADN necesarias para su análisis, hasta la secuenciación y análisis de datos.

A continuación, evalúan los diferentes aspectos a tener en cuenta en el desarrollo de las pruebas, su optimización y familiarización. En este apartado, los expertos consideran cómo decidir qué genes deben incluirse en un panel, o qué plataforma o método de secuenciación es preferible. Además, señalan la necesidad de evaluar potenciales fuentes de error durante todo el proceso de desarrollo de la prueba.

En cuanto a la validación de las pruebas de secuenciación masiva en el contexto de los paneles de genes en oncología, los investigadores consideran qué tipos de protocolos de validación pueden ser utilizados, así como qué número y tipo de muestras utilizados son necesarios, cuáles son los límites de detección y qué sustancias pueden interferir con estas pruebas. Además, destacan la importancia de la validación clínica de las pruebas y la utilidad clínica de las mismas.

Los expertos también dedican una sección del trabajo a profundizar en la implementación de los paneles de genes en el ámbito clínico, así como al desarrollo de métricas para realizar el control de calidad de los mismos. Los investigadores reconocen que la incorporación de la tecnología de secuenciación en la práctica clínica requiere de cambios en la infraestructura de los laboratorios y destacan que deben establecerse  medidas de control de calidad para cada prueba específica.

“La secuenciación dirigida se ha convertido en el método de elección para detectar variantes somáticas y ha sido rápidamente adoptado por los laboratorios clínicos,” concluyen los autores. “Sin embargo, este método es desafiante y requiere de una profunda validación analítica para asegurar la elevada calidad de los resultados de secuenciación.”

“Con esta serie de recomendaciones la Asociación de Patólogos Moleculares continua proporcionando a la comunidad del cáncer genómico  las herramientas apropiadas y guía para incorporar mejor los últimos descubrimientos científicos e innovaciones tecnológicas a la patología molecular,” señala Marina N. Nikiforova, profesora de Patología en la Universidad de Pittsburg y miembro del comité de la Asociación de Patólogos Moleculares. “Nuestra esperanza es que pronto veremos a la adopción generalizada de estas guías llevar a mejoras en cómo los patólogos moleculares validan y proporcionan resultados de secuenciación masiva de alta calidad para apoyar a nuestros oncólogos, patólogos y, lo más importante, los pacientes.”

Referencia: Jennings LJ, et al. Guidelines for Validation of Next-Generation Sequencing–Based Oncology Panels. J Mol Diag. 2017. Doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmoldx.2017.01.011

Fuente: AMP Issues Best Practice Guidelines for Next-Generation Sequencing-based Oncology Panel Validation. https://www.amp.org/emailads/NGS_Validation_Guideline3.22.17.html

 

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