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La información genómica mejora las posibilidades de tratamiento dirigido en cáncer

Amparo Tolosa, Genética Médica News

 

El cáncer no es una enfermedad única, sino que se presenta bajo múltiples formas, que pueden estar causadas por diferentes genes. Conocer los mecanismos moleculares que inician o participan en el cáncer de un paciente es un paso clave para caracterizarlo mejor y,  en muchos casos, poder ofrecer un tratamiento más preciso para esa persona.  E incluso, si no existe una terapia, la información genética puede resultar de gran valor para los ensayos clínicos destinados a encontrar nuevos tratamientos.  Si los perfiles genéticos de los tumores se consideran una variable más para clasificar a los pacientes, los grupos de tratamiento en los ensayos clínicos pueden ser más homogéneos y los resultados obtenidos más robustos.

 

información genómica

La información genética puede resultar de gran valor tanto para el diagnóstico de los pacientes con cáncer como para los ensayos clínicos destinados a encontrar nuevos tratamientos. Imagen: Darryl Leja, National Human Genome Research Institute, National Institute of Health https://www.genome.gov).

 

En un esfuerzo conjunto por mejorar el impacto de la genómica en el campo de la oncología, investigadores del Memorial Sloan Kettering Cancer Center han analizado en los últimos años el genoma  miles de tumores de pacientes y comparado los resultados obtenidos con muestras de tejido sano.

En un reciente trabajo, publicado en Nature Medicine, los investigadores publican los resultados obtenidos de los primeros 10.945 pacientes estudiados, que engloban más de 60 tipos de tumores. El equipo disponía de información clínica y patológica detallada de todos los pacientes, que complementó con información genómica, para incrementar sus posibilidades de recibir un tratamiento preciso u opciones a entrar en diferentes ensayos clínicos.

“Este estudio representa la culminación de un gran esfuerzo e inversión en la implementación de la secuenciación clínica a gran escala de los pacientes en el Memorial Sloan Kettering,” señala Michael  Berger, director del trabajo. “Ahora que hemos secuenciado más de 10.000 pacientes, hemos ensamblado un conjunto de datos con grandes oportunidades para la minería y descubrimiento de datos. Los primeros 10.000 pacientes fueron un gran paso para nosotros, y este artículo describe cómo la secuenciación de tumores contribuye al cuidado de estos pacientes.”

Los investigadores obtuvieron los perfiles genéticos relativos al cáncer mediante MSK-IMPACT, un panel de genes analizados por secuenciación masiva capaz de detectar mutaciones en regiones codificantes, cambios en el número de copias, alteraciones en los promotores y reorganizaciones estructurales en más de 300 genes relacionados con el cáncer.  El equipo no sólo analizó las muestras tumorales de los pacientes, sino también tejido sano, de manera que además de las mutaciones somáticas ocurridas durante el proceso tumoral también pudieron identificar si los pacientes habían heredado mutaciones patológicas de sus padres.

Las principales mutaciones identificadas en los pacientes se encontraban en el gen que codifica para la proteína P53 . Imagen: Proteína p53 interaccionando con el ADN. Imagen: Protein Data Base- visualizada con QuteMol (http://qutemol.sourceforge.net).

Los resultados brutos de MSK-IMPACT de cada paciente se evaluaron en el contexto de una base de datos de variantes genómicas desarrollada en el propio centro, y fueron revisados manualmente por personal especializado. A continuación, las alteraciones genéticas identificadas fueron incluidas en el historial clínico electrónico de los pacientes y enviadas a otra base de datos que, por una parte está diseñada para encontrar un ensayo clínico adecuado para el paciente y por otra envía los datos a un portal de información que es compartido con otros investigadores.

Dentro de las alteraciones genéticas identificadas en el estudio, el equipo encontró que la mayoría de mutaciones se localizan en el gen TP53, seguidas de cambios en los genes  KRAS, PIK3CA y BRAF. Adicionalmente se caracterizó qué mutaciones son más frecuentes en cada tipo de cáncer analizado.

Interesantemente, al estudiar qué alteraciones genéticas de los tumores de los pacientes podían tener relevancia clínica, el equipo encontró que el 36.7% de  los pacientes es portador de al menos un cambio sobre el que puede actuarse de forma clínica, bien mediante una terapia dirigida ya aprobada, bien mediante una terapia en experimentación.

A partir de estos resultados, muchos pacientes fueron tratados con fármacos específicos para su perfil genómico.  Del mismo modo, un 11% de los primeros 5.009 pacientes analizados pudieron ser reclutados en ensayos clínicos específicos para su sus características genéticas, aumentando las posibilidades de recibir un tratamiento que frenara o controlara su cáncer. Además, al identificar también mutaciones heredadas de sus progenitores que pudieran aumentar el riesgo a tener un cáncer, los familiares sanos pudieron recibir asesoramiento genético y ser analizados en caso necesario. En este último caso, la información genética podría contribuir a prevenir o detectar de forma precoz el desarrollo del cáncer.

“La secuenciación genómica está permitiendo a los investigadores deducir nuevas claves acerca de por qué algunos pacientes responden muy bien a los fármacos mientras que otros no lo hacen,” señala Josep Baselga, director médico del Memorial Sloan Kettering. “Concentrándonos en los llamados respondedores excepcionales es posible descubrir nuevas pistas sobre que conectan mutaciones en genes particulares con la respuesta a fármacos.” El investigador añade que la comunidad del centro está trabajando de forma activa para conseguir que más pacientes puedan ser reclutados en ensayos clínicos.

En el trabajo se analizó el ADN de muestras tumorales y el ADN de tejido sano no afectado por el cáncer. Imagen: carcinoma de células escamosas, Ed Uthman (CC BY 2.0, https://creativecommons.org/licenses/by/2.0/).

 

El trabajo confirma la utilidad de la genómica para guiar el cuidado de los pacientes con cáncer en un amplio rango de tipos de tumores, y enriquece la información recogida en otras bases de datos como el proyecto Atlas del Genoma del Cáncer. Además, con el objetivo de sacar el máximo partido de los datos obtenidos, y acelerar el descubrimiento de nuevos tratamientos, los investigadores han depositado los datos clínicos y genéticos de los pacientes, preservando su identidad, en un portal público y abierto disponible para la comunidad científica.

Investigación original: Zehir A, et al. Mutational landscape of metastatic cancer revealed from prospective clinical sequencing of 10,000 patients. Nat Med. 2017 Jun;23(6):703-713. doi: 10.1038/nm.4333.

Fuente: Landmark Analysis from Memorial Sloan Kettering Reveals Genomic Tumor Sequence of More Than 10,000 Cancer Patients Using MSK-IMPACT™. https://www.mskcc.org/press-releases/landmark-analysis-msk-reveals-genomic-tumor-sequence-more-10000-cancer-patients-using-msk-impact

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